Если ещё до смуты, и даже раньше - во времена детства Иоанна Грозного, церковь имела огромную власть - большие угодья церковной земли, огромное количество подневольных крестьян, золотую посуду и много драгоценностей, то с правлением Грозного её богатства стали уменьшаться. Иоанн регулярно ряды церковников стал "прореживать" и забирать монастырское богатство себе.
Иностранные послы того времени, бывшие в Московии удивлялись богатству и роскоши на царских пирах, где вся посуда была из чистого золота.
Когда первая жена Иоанна Грозного - Анастасия, умерла, царь венчался во второй раз, и церковники начали возмущаться. Тогда царь заявил им, что это он тут власть, а не они! И венчался он четыре раза, а потом еще три раза жил невенчанный, не обращая внимания на церковные правила.
После его смерти вместо сына Федора правил фактически Борис Годунов, он был шурином царя (именно он и сосватал свою сестру Ирину за слабовольного Федора). И волю церковникам он тоже не давал, продолжая править по законам Иоанна.
После смерти Федора Московия осталась без царя, и настало время "смуты".
При "напомазании" на трон Борис Годунов рвал на себе вышитую рубаху и клятвенно обещал сделать все для народа русского, чем и вызвал недоверие холопов. Ибо настоящий царь только карает.
Узнав вскоре о заговоре Романовых и их желании занять трон, и их связи с поляками, Годунов велит их арестовать и сослать в ссылки, в тюрьму и на каторгу. А приближенного к царю Федору Иоанновичу - Федора Романова, насильно постричь в монахи под именем Филарет, чтобы и мысли у него не было сесть на трон.
Но тут Годунов умирает, а с польским войском приходит Лжедмитрий1, бывший холоп Федора Романова - Юрий Отрепьев, принявший постриг как монах Григорий, и утверждающий что он чудом спасшийся сын Ивана Грозного. Церковь поддержала и Годунова, и Лжедмитрия1 и 2.
Лжедмитрий1 освобождает оставшихся в живых Романовых, а Филарета сразу из простых монахов переводит в митрополита! И церковники даже слова не сказали, вот как их Иван Грозный выдрессировал!
Вслед за убийством Лжедмитрия1 приходит Лжедмитрий2, который назначает Филарета уже патриархом!
Минин и Пожарский собирают народное ополчение и гонят поляков вон из Москвы, а бояре и священники прячутся где могут. После победы сторонники Филарета быстренько собирают Земский Собор, и пока народ с Мининым и Пожарским не очухались, проводят на трон сына Филарета - молодого Мишеньку Романова, как "чистого и не запятнавшего себя в заговорах и смуте".
Смута закончилась, начинается правление на 300 лет клана Романовых, во главе с патриархом Филаретом.