Про разрушение микроволновкой витаминов и белков, - такой информации не встречал.
А вот с разрушением структуры воды, - все далеко неоднозначно.
Ведь разогрев происходит в высокочастотном поле, под воздействием которого электроны ( или кто там еще ) начинают судорожно вибрировать, от чего и нагреваются сами, а вместе с ними и все вещество, в данном случае, это вода. В процессе такого хаотичного движения могут нарушаться межэлектронные ( или межатомные ) структурные связи. А по большому счету - эта вода уже не та, которая была до того, как Вы ее поставили в микроволновку.
P.S. Хотя вода, - это такое интересное вещество... Одна и та же вода, разлитая по двум стаканам, поставленная одна у динамиков с классической музыкой и вторая, - у динамиков с тяжелым роком. Через полчаса воздействия, - посмотрите в микроскоп, - разница более чем.