Выбор между частицами ни и не частенько бывает непрост.
С моей точки зрения важно запомнить, что не - частица отрицательная, с ее помощью что-то отрицается. Ни - частица усилительная, сама по себе она ничего не отрицает.
Желательно знать хотя бы минимальный список самых употребительных устойчивых выражений с не и ни, это облегчит выбор.
Вот одна из многих таблиц, посвященных правилам выбора между ни/не:
В вопросе нет конкретного предложения с выражением что бы ни/не делал, но посколько что и бы написано в два слова, можно предположить, что перед нами часть сложного предложения, в котором отрицания нет. Соответственно, выберем, скорее всего, частицу ни.
Что бы ни делал Иван, он все равно остается моим братом.