Я конечно не филолог, не лингвист, не школьный учитель русского языка и литературы и даже не учитель младших классов в школе. К тому же русский язык для меня не является родным.
Но давайте попробуем порассуждать над вашим вопросом.
Если мы с вами живем в Европе, то со школы мы знаем, что бегемоты млекопитающие из отряда парнокопытных, подотряд свинообразных. В таком случае группу бегемотов можно назвать стадом, но аналогии со стадом свиней.
Второе название бегемота в Европе - гиппопотам. Слово гиппопотам является греческим словом ἱπποπόταμος, что переводится на русский язык как «речная лошадь». А группа лошадей называется стадом.
Арабы называют бегемота "Нильской лошадью", следовательно и у них то же будет стадо бегемотов.
Но эволюция бегемотов изучена недостаточно хорошо и некоторые американские ученые начали выдвигать гипотезы о том, что наиболее близким родственником бегемотов являются не свиньи, пекари или кондилартры, а киты.
По этому, американцы могут смело называть группу бегемотов стаей, по аналогии со стаей рыб. Или американцы ещё могут сказать косяк бегемотов.
Но это только мое личное мнение, а оно может быть и ошибочным.