МОЛОЧНОКИСЛЫЙ и КИСЛОМОЛОЧНЫЙ -- это сложные прилагательные.
Чтобы определить, какое сложное прилагательное следует употреблять в том или ином случае, необходимо разобраться со способом образования этого прилагательного.
Один из видов бактерий обладает способностью вырабатывать в результате брожения такой основной продукт как МОЛОЧНАЯ КИСЛОТА. В этом словосочетании слова молочная и кислота связаны между собой способом согласования, где одно слово подчинено другому по смыслу. От таких словосочетаний образуются сложные прилагательные, в которых первая часть соответствует первому слову, а вторая часть прилагательного - второму слову словосочетания, то есть правильный вариант в этом случае МОЛОЧНОКИСЛЫЕ БАКТЕРИИ.
Таким же способом, например, образованы сложные прилагательные железнодорожный (от железная дорога), широкоэкранный (от широкий экран), сельскохозяйственный (от сельское хозяйство).
Ну и кисломолочный - от словосочетания кислое молоко, на основе которого получают различные продукты, поэтому прилагательное КИСЛОМОЛОЧНЫЙ может употребляться только в сочетании с существительным ПРОДУКТ.