Две предпосылки вопроса взяты из разных представлений о жизни. Библия буквально говорит одно, а люди разных времен и народов и прочих групп думают самое разное, и это надо понимать прежде, чем строить парадоксы. Например, восточные славяне верили до Крещения Руси в Перуна и др. и никакой Библии не знали. Что же, обижаться, что у каждого народа была своя религия, исходящая из местных условий? У древних греков была своя, и их божества, демоны, нимфы и прочие наделялись другими свойствами, чем славянские или библейские герои. Это в советское время проходили в школе. Зайдите в главный музей царской христианской России - Эрмитаж и увидите античные статуи. Или предметы культов Древнего Египта, тоже совсем другие, но это были такие же государственные обязательные религии, как потом иудаизм, христианство и ислам в своих странах. И, например, древний Новгород согласно Повести временных лет киевляне крестили огнем и мечом и статуи прежних божеств в обеих столицах бросали с моста в реку. Воцарили православное христианство на Руси, хотя князь Владимир выбирал и мог выбрать любую веру. Но это не про пол. Но вот слово гермафродит пошло от древних греков, из мифа или сюжета о рождении двуполого ребенка у Гермеса и Афродиты. А потом гермафродитами стали называть и людей с признаками генетического нарушения половой дифференциации, и животных, у некоторых видов которых (взять улиток) есть в норме и мужские, и женские органы, и при встрече для зачатия потомства каждая из двух улиток хочет стать папой, а не мамой, чтобы не вынашивать потомство - это просто тяжело. Об этом говорят биологи - например, на канале Ютуб "Всё как у зверей". А какие-то виды, кажется, рыбок меняют непроизвольно пол в зависимости от внешних условий. В Библии об этом не сказано, но учёные это видят лет 200. И не сказано, что Бог создал сальмонеллы или вирус гриппа, но они видны в микроскоп.
Про пол. Бог создал здоровых и бессмертных мужчину и женщину, но и они умерли, и миллиарды их потомков болели и умерли. Кто-то рождается больным и иногда уродливым. Заячья губа, небная расщелина, сросшиеся пальцы или шестой палец на руке или ноге. Или такого не бывает? Ещё как бывает. И бывают люди с нарушением формирования половых органов ео мужскому или женскому образцу в ту или другую или третью сторону. Хирурги делают им операции для превращения их органов в более соответствующие мужским или женским, но полного восстановления работы иногда не бывает даже и при сочетании хирургии с приемом гормонов. И эти люди мучаются и социально, и от операций. А есть, увы, и другие, физически здоровые мужчины и женщины, но им вдруг или не вдруг хочется быть другой ориентации, гендера или сменить пол физически. Вот их понять трудно. Но, может быть, в их психике есть какие-то объективные особенности...