Правило, по которому можно однозначно определить, какой перед нами предмет: одушевленный или неодушевленный, гласит следующее:
нужно взять наше существительное во множественном числе;
найти родительный и винительный падежи этого существительного;
если у существительного во множественном числе совпадают именительный и винительный падежи - перед нами неодушевленный предмет, задаем вопрос что(?);
если у существительного во множественном числе совпадают родительный и винительный падежи - это одушевленный предмет, задаем вопрос кто(?).
Узнаем, какой вопрос нужно задавать к слову бактерия.
1) Множественное число - бактерии
2) Просклоняем слово бактерии:
И.П. - бактерии
Р.П. - бактерий
В.П - бактерии
Совпадают именительный и винительный падежи, значит к слову бактерия нужно задавать вопрос что(?).
А теперь узнаем, какой вопрос следует задавать к слову матрешка.
И.П. - матрешки (всем известные игрушки)
Р.П. - матрешек
В.П. - матрешек
Совпадают родительный и винительный падежи, значит к слову матрешка нужно задавать вопрос кто(?). Как видим, что хотя матрешка и не является живым существом, в русском языке она обозначается одушевленным существительным. То же самое относится и к другим игрушкам, которые изображают живые существа.
Кроме знания этого правила для правильной постановки вопроса нужно также учитывать, что бывают ситуации, когда к одному и тому же слову следует задавать разные вопросы.
Для примера посмотрим, как ведет себя слово язык в разных ситуациях.
И.П. - языки
Р.П. - языков
В.П. - языки
Русский язык, хотя велик и могуч, но "живым" является только в переносном смысле. В данном случае правило не противоречит здравому смыслу: слово язык как по смыслу так и по правилу - неодушевленный предмет, а следовательно к этому слову задаем вопрос что(?).
А вот в этом случае к слову язык нужно задать вопрос кто?(точнее - кого?), т.к. язык разведчикам нужен живым. Здесь смысл берет верх над правилом.