Хуже, конечно, не будет. Вопрос упирается в то, насколько оправданными оказываются дополнительные затраты машинного времени. Поскольку выигрыш оказывается небольшим (особенно на динамичном материале), а вот размер файла проще корректировать правильным подбором битрейта. Что касается пресловутого "качества", то, например, для материала с разрешением 720p визуально отличить однопроходное видео с битрейтом 3500 kbs и двухпроходное с битрейтом 3345 (при опорном 3500) не получится. Более того, если в однопроходном варианте просто выставить битрейт 3250, то и тут разницу в качестве вы никак не уловите. Тогда зачем мучиться и "ловить" выгоду в несколько сэкономленных десятков (сотен) мегабайт, если можно просто выставить чуть пониже битрейт и получить всё то же самое?
Проще всего реализовать, то что вы хотите. Для этого открываем Sony Vegas Pro(Лично у меня 12 версия, хотя здесь это неважно)и перетаскиваем в окно с аудио/видео дорожками либо открываем через саму программу. Перед вами появиться такая картина.
Нажимаем Yes. Теперь у нашего видео настройки FPS и качества как у исходного.
Если данный способ не помог, пробуйте зареднерить видео путем выбора подходящего формата.
Качество портится для экономии ресурсов ПК. Это делают практически все программы для обработки видео. На конечное обработанное видео это ни как не влияет. В конечном итоге, когда происходит вывод видеоролика, ПО всё собирает и выдает в том качестве, которое вы указали.