Тип накопителя не влияет на фрагментацию файловой структуры.
Фрагментация происходит из за следующего момента:
1) Предположим на диск был записан файл "А", соответственно он занимает некоторое количество кластеров диска:
ааааа
2) Следом записали файл "Б":
ааааабббб
3) И, для полноты картинки файл "С":
аааааббббсс
4) Теперь, если удалить файл "Б" и записать на диск файл "Г" может получиться две картинки:
ааааагг сс - т.е. файлы по прежнему не фрагментированы.
аааааггггссгг - файл "Г" фрагментирован.
С учетом того, что на диск пишется множество файлов, да и удаляется не мало, фрагментация при активном использовании будет только нарастать. Вот тут и потребуются программы для дефрагментации дисков, иначе скорость доступа к отдельным файлом сильно пострадает.
Современные дисковые накопители, например SSD, имеют собственный "мозг", который управляет записью на диск. Сделано это с целью максимально продлить срок службы SSD, т.е. минимизировать перезапись одних и тех же ячеек памяти диска. Вот здесь дефрагментация будет столь хаотичной... жуть. Но дефрагментация таких дисков не нужна, поскольку она не мешает жить из за высокой скорости работы диска.