У запаха изо рта есть всего две причины. Первая - это бактерии, находящие в полости рта. Вторая - проблемы желудочно кишечного тракта.
Запах изо рта у маленьких детей, в отличие от взрослых, практически никогда не бывает связан с желудочно кишечным трактом.
Что касается бактерий в ротовой полости, то основным фактором их размножения служит недостаточное количество слюны. Поскольку именно слюна наделена способностью эти бактерии убивать и предотвращать или сокращать их размножение.
ОРВИ влияет на наши слизистые и их продукцию (слюну, сопли) достаточно сильно. Именно слизистые оболочки и их выделения и покрытия призваны бороться с первыми признаками вирусов попадающих в организм. И именно их вирус поражает в первую очередь, что бы беспрепятственно проникнуть в организм. Именно поэтому в период ОРВИ основным лечением, особенно на ранних стадиях, являются два простых правила - обильное питье и увлажнение слизистой носа.
В случае с вашим ребенком, запах изо рта вызывает, наверняка, ни что иное как предвирусное пересыхание слизистой ротовой полости. То есть ребенок уже заболел, вирус попал в организм, продукция слюны уменьшилась, бактерии в ротовой полости активизировались, тем самым вызвав неприятный запах, а симптомы болезни в виде соплей появились через день-два.
А вообще странный у вас врач... Это его "много почему может пахнуть" вполне может быть и признаком заболеваний, и повышением ацетона, и проблемой с зубами, что требует диагностики.