Не вредно. Иногда флэшку используют для увеличения ресурсов компьютера, как дополнительную область памяти и не извлекают ее на протяжении всего срока службы компьютера. В некоторых моделях первых нетбуков, флешка находилась внутри корпуса нетбука в качестве жесткого диска, то есть была подключена постоянно.
Вообще, любому электронному оборудованию надо бы иной раз давать отдохнуть... казалось бы...
В инструкции к мобильному телефону (когда-то давно) я встречал рекомендацию не оставлять на долго зарядное устройство подключенное к розетке и без телефона. Однако сейчас об этом даже не пишут. У всех обычно зарядка от телефона болтается в розетке постоянно.
Сам я никогда на протяжении многих лет не отключаю приемник спутникового телевидения, выключаю только телевизор, а "спутник" всегда включен.
И похожих аналогичных примеров можно привести сколько угодно. Все это, конечно, не всегда правильно, но тем не менее с вашей флэшкой ничего случится не должно, только лишь из-за того что вы используете ее по назначению.