Для начала надо упростить предложение, а затем поставить правильный вопрос.
Что такое упростить? Это означает - выкинуть из предложения лишние слова, но так, чтобы не изменился смысл.
Итак, выкидываем: "за услуги по занижению базы по налогам, которое/которые включалО/включалИ" - дальнейшее предложение уже не важно. Смущает двойное применение предлога "по" ("по занижению...по налогам"), однако смысл ясен.
Итак. Теперь вопрос: что именно включалО или включалИ? Очевидно, что с базой налогов что-то сделали и эти налоги включали "осуществление транзитных операций" и так далее. То есть включали налоги. Отсюда ясно, что правильно нужно написать "за услуги по занижению базы по налогам, которЫе включалИ".
А может, все-таки "за услуги по занижению базы по налогам, которОе включалО"? Тогда вопрос будет следующим: а что это за "которое", если оно "включалО"?
Очевидно, что смысла нет. База включала? Но тогда нужно было бы написать: "за услуги по занижению базы по налогам, которАЯ включалА". Но включали-то налоги, а не база, верно?
Поэтому полный текст правильно будет написать так: ""За предоставление услуг по занижению налогооблагаемой базы по налогам, которЫЕ включалИ осуществление транзитных операций через ООО «Клан», ООО "План", изымалось вознаграждение в размере 3-5 процентов".