Ух! Какие страсти!
Начнём с того, что часть интеллигенции - агностики со всех сторон: и в силу воспитания в возрастах нежных, и по самоидентификации в самостоятельной уже жизни.
Затем идёт некоторый прОцент откровенных атеистов, неоязыческих и прочих либертарианцев, которым любая внешняя клерикальная форма - и нож вострый, и повод позубоскалить/лишь бы не смолчать.
Тапким образом, бОльшая часть интеллигенции (особенно европейской и европейско-ориентированной), произнося слово "ПОП", вкладывает в него смысл пренебрежительный, вплоть до уничижительного.
Что естественно для людей с широким кругозором и достаточным мировоззренческим уровнем. Пусть церквы сами разбираются со своими проблемами.
Меньшая часть интеллигенции, т. н. "интеллигенция рук", в оценке деятельности и образов служителей культа сильно зависит от текущей социально-экономической обстановки и "осмысливать её реакции" - нет никакого смысла.
<hr />
Отдельной строкой - упомянутый ув. Listopad-ом Александр Сергеевич Пушкин: аристократ старинного (боярского) рода - с одной (материнской) стороны и природный полидеист - с другой (африканские гены), несший на своих плечах сложный груз свободосовестного выбора: вроде христианское неофитство и сдобрено обильным православным усердием, и обычай сословный "требует безоговорочно", но жил-то йён - в период слома эпох!
Зачем его в "интеллигенты записали" - не ясно.
Ясно другое: АС чётко видел грани разделяющие христианского отшельника-летописца, монашка-расстригу-авантюриста и утробного попа-мироеда.
Крайний образ, кстати сказать, был распространён в пушкинские времена - весьма широко: крепостное право - вокруг, кулаков - практически не было.
Так что, отвечая на вопрос, скажу:
Ещё как может!
Совсем другое дело - уточнения к вопросу: который из известных "интеллигентских видов"?
А уж "почему" - см. выше.