Ответ о "затухающих колебаниях маятника" (то есть, падении камня и его "возврате") действителен только, если тоннель (1) проходит через центр Земли. В этом случае, когда человек уронит (бросит) камень в тоннель, камень действительно будет летать "туда" и "обратно", пока не остановится в центре.
Если же тоннель будет проложен хордиально, то камень в лучшем случае (2) долетит до середины тоннеля (вблизи центра Земли), после чего из-за силы притяжения упадёт, а худшем случае (3) отлетит на расстояние, на которое его сможет забросить человек (не более 100 метров (4)), а затем точно так же упадёт под действием всё той же силы тяжести.
С поездом проблем меньше. Если хордиальный тоннель не проходит вблизи центра земли, то он спокойно выедет с противоположной стороны тоннеля (за счёт двигателя, которого нет у камня). Если тоннель будет проходить через центр Земли, то увеличится расход электроэнергии (для электровоза) или мазута (для тепловоза), или угля (для паровоза).
<hr />
1 - абсолютно прямой
2 - если хорда будет проходить вблизи центра Земли
3 - если расстояние от середины хорды будет находится от центра Земли на значительном расстоянии
4 - спортсмены бросают копьё на расстояние чуть более 90 метров, диск - около 75 метров; простой человек вряд ли бросит камень дальше спортсменов
<hr />
P.S. Вспомнил о вращении Земли вокруг своей оси...