В отличии от серии Souls в игре Sekiro Shadows Die Twice главный герой умеет плавать, а в игре есть много водоёмов, где это можно сделать. В воде встречаются противники и местный аналог кристальных ящерок – карпы с драгоценной чешуёй, которую можно обменять на разные полезные вещи.
В самом начале игры герой может плавать только по поверхности, однако игра намекает, что в глубине тоже есть много чего интересного – например в резервуаре Асина в замке можно навести прицел на мини-босса под водой, однако добраться до него на ранних этапах игры нельзя.
Способность нырять – это отдельное умение, которое автоматически будет изучено после победы над боссом Падшая монахиня. Босс не самый сложный, обладает большим запасом здоровья, но довольно медленный и легко парируется. Самая сложность заключается в том, чтобы найти его, потому как путь к нему не самый очевидный и добраться до неё можно найти как в самом начале игры, так и почти под самый конец.
Чтобы добраться до монахини, нужно, после попадания в замок Асина, найти колодец, в котором герой оказался в самом начале игры, пройти через него в подземелье, и, двигаясь по правому краю, пройти к старухе, которая сидит перед бездонной пропастью. Она предлагает броситься в пропасть – так и делаем. Спустя пару секунд падения появятся крюки на стенах, за которые можно зацепиться – так герой попадает в Глубины Асина. Локация довольно прямая, в самом конце которой находится деревня с зомби, а в конце неё – монахиня.
После изучения умения, игра будет давать подсказку, на какую кнопку нажать, чтобы нырнуть, когда игрок прыгнет в воду. Запас воздуха у героя бесконечный, так что можно сидеть под водой сколь угодно долго. Под водой можно сражаться, ставить блок и уклоняться рывками, использовать тыквенную флягу, но нельзя использовать многие другие предметы быстрого доступа вроде драже, а также инструменты в протезе и крюк.
