Чаще всего это происходит из-за понижения уровня грунтовых вод, вследствие человеческих манипуляций ( мелиорации, изменение близлежайшего ландшафта и др.) и природных , например изменение направления (русла) подземных ручьев, засушливая погода и засорение илом дна колодца. Но это может быть и временным обстоятельством, или сезонным.
Что делать в этом случае - обратиться к местным властям и в специальные колодезные службы, дабы избежать других проблем в будущем. Если засорился - почистить от ила и другого мусора.
Насколько мне известно углублять колодцы - достаточно затратное мероприятие, поэтому выгоднее по экономическим меркам будет выкопать новый колодец, если другие способы не подошли.
Если пить нефильтрированную воду со скважины, то можно зашлаковать кишечник кальцинатами. И от большого содержания железа у вас будут запоры.
Почечнокаменная болезнь или нефролитиаз. Если из скважины будет идти жёсткая вода, в которой очень много минеральных солей, то они будут способствовать образованию и дальнейшему росту камней в почках.
В Брестской крепости были колодцы. Она была идеально подготовлена к осаде в плане возможности автономного существования. При сдаче фортификации польскими войсками, все было в исправности, потому там был немедленно расположен гарнизон. Накануне 22 июня крепость посетила делегация немецких офицеров. Неполадки с водоснабжением были обнаружены нашими бойцами уже во время штурма Бреста гитлеровцами - в колодцы попали экскременты лошадей из конюшен, вода была не пригодна для питья. Вероятно, германцы, осмотрев фортификацию, обнаружили слабые места - там, где стенки колодцев наиболее близко прилегали к канализационным стокам и проходили рядом с конюшнями. В момент штурма перед Люфтвафе стояла простая задача сбросить туда тяжелые бомбы. Это спровоцировало разрушение перегородок. В заложенные мины замедленного действия (такая версия есть) я, простите, не верю - сделать это могли только саперы, а не офицеры штаба, нужно было много времени, да и габариты мощных мин в те времена были не самыми скромными.
Возможно, это очень мелкие частицы глины. Их трудно отфильтровать или осадить. Я уже много лет использую для получения питьевой воды из колодца (дача на бывшем болоте, торф) мембрану (продавалась, как сейчас, не знаю), с исключительно тонкими отверстиями в полимере. Вода фильтруется по каплям, но для семьи из нескольких человек ее хватает (оставляем фильтроваться и на ночь, по капле в секунду). С виду наша вода вроде чистая, но на мембране оседает глинистый осадок и ее нужно регулярно осторожно промывать.