Родился 27 июля 1946 года в посёлке колхоза имени 1 Мая Каркаралинского района Карагандинской области. Имя его происходит от казахского слова "тоқта", что означает "остановиться". Такое имя казахи издавна давали ребенку мужского пола, который родился после череды умерших новорожденных или когда все предыдущие новорожденные были только девочками. Токтар был у родителей первым мальчиком после двух девочек.
Окончил 8 классов средней школы, затем работал токарем на Темиртауском литейно-механическом заводе, одновременно учился в вечерней школе. Завершив в 1965 году обучение в средней школе, поступил в Армавирскоевысшее военное авиационное училище лётчиков ПВО. В 1976 году окончил школу лётчиков-испытателей министерства авиационной промышленности имени А. Федотова и перешёл на испытательную работу. В 1979 году заочно окончилМосковский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе.
В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна. За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму с самолётами корабельного базирования. Первым в СССР совершил беспосадочный полёт в районСеверного полюса и с двумя дозаправками в воздухе. 1 ноября 1989 года произвёл первую посадку и первый взлёт опытного корабельного истребителя МиГ-29К с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 октября 1988 года за мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, Токтару Онгарабаевичу Аубакирову было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
6 ноября 1990 года был удостоен звания Заслуженного лётчика-испытателя СССР.
В 1991 году в соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.
2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым (командир экипажа при старте) и австрийскимкосмонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13». В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским (командир при посадке) и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».
Поскольку Т. О. Аубакиров совершил космический полёт, уже имея звание Героя Советского Союза[1], а повторные награждения «Золотой Звездой» с 1988 года были отменены, за свой единственный полёт в космос он был награждён орденом Октябрьской Революции.
После распада СССР живёт в Казахстане. Находится на государственной службе. С апреля 1992 года — первый заместитель председателя Государственного комитета по обороне Республики Казахстан, помощник президента Казахстана по освоению космоса.
Перед избранием в парламент — генеральный директор Национального аэрокосмического агентства Республики Казахстан в городе Алма-Ата. 24 октября 2009 года Токтар Аубакиров, первый казахский космонавт, выступая на съезде новой оппозиционной политической силы — Общенациональной социал-демократической партии «Азат» — в Алма-Ате, так пояснил своё вхождение в объединённую партию оппозиции:
«Хочу считать, что сегодня наступил день, о котором мечтал простой народ. Сегодня — исторический день. Многие люди ждали, когда объединятся две ведущие оппозиционные партии Казахстана. Я долго ждал этого момента. Это было моей мечтой. Я долго ждал появления народной партии, чтобы вступить туда. Я долго искал свою партию. И вот я её наконец нашёл».
ПРОСТИТЕ ЕСЛИ НЕ ПО ТЕМЕ
