Интересно было бы проверить, что действительно произойдет, если удалить папку Application Data с компьютера. Однако, рисковать неохота.
Не исключено просто, что система создаст новую. Или придется накатывать систему поверх существующей, делать repaire - ремонт, как бы.
Вообще эта папка считается системной и без особой нужды туда дилетантам лезть не советуют. Если есть подозрение, что там завелся вирус и просто антивирусной программой не удаляется, то можно и пройтись по ее папкам и файлам. Проверить в первую очередь созданные или измененные недавно. Некоторые файлы можно спокойно удалять.
Кстати, по идее у Вас 2 такие папки. Одна просто на диске С, а вторая в Local Setting.
Думаю, Вы первую имели ввиду.
Вирус, скорее всего может появиться в папках почтовых клиентов или браузеров.
Там главное, профили не удалять. В них закладки, история, расширения.
Знать бы, откуда у Вас такое подозрение, можно было бы ответить подробнее.
Все таки попробуйте почиститься, например, Dr.Web.Curelt.
Убедилась, что ему многое под силу.