Чёткая разница между мотором и двигателем есть только в английском языке (во французском оба - moteur). Вот что написано на одном учебном (!) ресурсе:
(Иногда два этих термина в обычной речи взаимозаменямы, но, с технической точки зрения, они не идентичны:
двигатель = устройство, преобразующее горение или тепло в движение
мотор - устройство, преобразующее электрическую энергию в движение)
То есть для них разница - это вид энергии, а не то, способно ли перемещаться то, на чём установлен мотор/двигатель. Если электрический - то мотор, если тепловой или какой-то ещё, не электрический, - двигатель. Между прочим, мотороные лодки - не единственный вид транспорта с мотором. На заре развития авиации, пока самолёты были с пропеллером, этот пропеллер крутился от мотора. Можно даже вспомнить, что нам разум дал вместо сердца.
<hr />
Update.
Если верить Справочной службе русского языка, то в русском языке между этими словами смысловых различий нет.