1 причина: Советский Союз начал лунную программу слишком поздно - на три года позже (в 1964 году, президент Кеннеди же озвучил программу 12 сентября 1961 года).
2 причина: стратегическая ошибка Королева, который поставил всё на разработку суперакеты Н-1, но этот путь оказался в результате тупиковым и аварийным: все 4 запуска "лунной ракеты" закончились катастрофой. От ракеты Челомея "Протон" в качестве ракетоносителя для Луны Королев категорически отказался, хотя именно она затем стала "рабочей лошадкой" советского космоса.
3 причина: распыление сил. В то время, как в США все государственные органы и частные компании работали над реализацией единой лунной программы высадки астронавтов на Луне на корабле "Аполлон" с ракетой "Сатурн-5", в СССР три головных института (ОКБ-1 Королева, ОКБ-52 Челомея и ОКБ-586 Янгеля) конкурировали между собой, разрабатывая три разных лунных ракеты. При этом осуществлялось сразу две советских лунных программы: с полетом на Луну космонавтов и с облетом космонавтов вокруг Луны. Советская экономика просто не потянула технически и экономически такое мнообразие задач.
4 причина: отсутствие испытательных стендов в СССР для ракетоносителей. Американцы полномасштабно испытывали новую лунную ракету "Сатурн-5" с работающими двигателями F-1 прямо на стендах в цехах, выявляя ошибки и просчеты еще до запусков в космос. В результате все запуски уже отлаженных "Аполлонов" на орбиту прошли успешно. Ошибки же в конструкции советской ракеты Н-1 выявлялись и устранялись только после катастроф при запусках в космос, что оказалось невероятно сложно, дорого и долго.
5 причина: экономическая дороговизна проекта. США не пожалели денег на программу "Аполлон", выделив на неё из госбюджета в общей сложности более 25 млрд. $ США (в ценах 1969 г., или примерно 200 млрд. $ по нынешнему курсу с учетом инфляции). Партийное руководство СССР же выделило на лунную программу денег в 10 раз меньше, да и по мере разработок постоянно сокращало финансирование, требуя от конструкторов и производственников экономии средств.
6 причина: роковое стечение обстоятельств - смерть главного идеолога и конструктора лунной программы Королева, и гибель ведущих космонавтов - кандидатов на лунный полет: Комарова и Гагарина. Занявший место Королева Глушко был принципиальным противником полетов на Луну в пользу создания орбитальных околоземных станций для оборонных целей. Возглавив ОКБ-1 после Королева, он сразу закрыл программу испытаний неудачной и сверхдорогой по его мнению ракеты Н-1, и отправил на утилизацию уже готовые к запуску 5-й и 6-й прототипы ракеты. В результате СССР просто оказался без сверхтяжелой ракеты для полёта на Луну. Политбюро же посчитало, что после смертей Гагарина и Комарова высоковероятная гибель советских космонавтов в попытке лететь на Луну вызовет нежелательный политический и моральный урон для советской космонавтики в мире и внутри страны.
7 причина: после того, как в 1969 году астронавты "Аполлона-11" Армстронг и Олдринг высадились первыми на Луне, и поставили на ней американский флаг, советское руководство сильно охладело к идее быть лишь вторыми на Луне после американцев.