Такие сравнения неправомочны, ибо сравниваются разноплановые понятия.
Сепаратизм - политическое движение, направленное на отделение части государства и создание нового государственного образования.
Ополчение - вооруженное формирование.
Это совершенно разные вещи, их невозможно ни сравнивать, ни противопоставлять.
Для сепаратизма противоположностью может быть унитаризм.
Для ополчения - регулярная армия.
Далее, в Украине не "ополчение", а как раз "сепаратизм" - именно этот термин употребляют украинские власти и СМИ. Сначала они называли этих людей "сторонниками федерализации", а теперь - сепаратистами и даже террористами.
"Ополчение" употребляют не в Украине, а в ЛНР и ДНР. И употребляют вполне справедливо - пока что у молодых республик нет регулярной армии. Но она скоро будет.
Сепаратизм - вполне нейтральный термин, он не несет никакой негативной окраски и отражает лишь стремление наций (народов) реализовать свое право на самоопределение. Имеет место в Канаде, США, Великобритании, Испании. Это нормально.
Пример с Калининградом я считаю не самым удачным. Хотя бы потому, что в Калининградской области живут русские, а не немцы. Если бы там жили немцы (как большинство) и они захотели бы отделяться и возвращаться в Германию, то вопрос был бы совершенно иным.
И наконец, разберемся с терминами. Что происходит на востоке Украины?
Со стороны это гражданская война - со всеми атрибутами. Имеют место две стороны конфликта, которые не смогли ни о чем договориться, не признают друг друга, и решают это противоречие вооруженным путем.
С точки зрения киевских властей (хунты). Имеет место вооруженный мятеж, который необходимо подавить. Соответственно, ведется карательная операция. Представителей противоположной стороны называют сепаратистами и террористами.
С точки зрения ЛНР и ДНР. По результатам референдумов принято решение об отделении от Украины (заметьте, речь не идет о присоединении к России). Имеет место оккупация суверенных государств соседями (Украиной), население ведет национально-освободительную войну, используя добровольческие вооруженные формирования - ополчение.
Никаких противоречий.