Это родо-видовые понятия. Навоз производят из экскрементов, но не всякие экскременты могут служить навозом.
Начнём с длинного слова - оно латинского происхождения и обозначает выделения или отходы, то есть в принципе им можно назвать не только то, что выходит из живого организма, но и химзавода. Однако в дискурсе русского языка за этим существительным закрепилась роль эвфемизма, "приличной" замены более "грубых" исконнославянских слов говно и кал.
На говне нужно остановиться подробней, не такое оно ужасное, как кажется нашим современникам. Изначально обозначало продукты жизнедеятельности именно коровы (той самой, из которой получается говядина). Поскольку животное было одомашнено, то есть с его каловыми массами первобытному человеку пришлось сталкиваться в гораздо более серьёзных масштабах, чем с тем, что дикие твари, гуляющие на свободе, где угодно гадили, то азы мелиорации были получены именно от него. Обнаружив, что там, где коровы испражняются, растительность обильней, наши предки догадались пересмотреть своё отношение к этим отходам и использовать их как удобрение вместо того, чтобы постоянно сжигать лес. Тем самым было прекращено подзольное земледелие, ставшее причиной первых экологических катастроф в истории человечества.
Всё остальное означалось словом кал, означающим у разных славянских народов всякую чавкающую грязь.
Навоз - слово относительно новое, встречается с XVI века. Оно обозначает не просто содержимое опорожнённого кишечника, но тщательно оберегаемый и поэтому свезённый в одно место материал. За этим термином видна хозяйственная деятельность, поставленная на широкую ногу, иначе не потребовался бы неологизм, образованный именно от глагола "возить", а не описывающего, как это вещество получилось да на что похоже. Кто там конкретно "сходил по-большому", уже не имеет значение, главное, что это важный для хозяйства заготовленный продукт.