В первую очередь потому, что пропагандируемая церковью идеология превосходства духовного над материальным была в явном не соответствии с реальным положением дел в самой церкви. Церковь богатела "не по дням, а по часам", выжимая с крестьян (причем не только с принадлежавших церкви земель) последние монетки, порой вместе с жизнью.
В это время Римские Папы (как и множество менее значимых служителей) не только имели несметные богатства, но и вели порой весьма аморальный образ жизни. Они с удовольствием торговали не только церковными должностями, но и индульгенциями, с помощью которых можно было "откупиться от любого смертного греха".
А все это (вместе или по отдельности) не могло нравиться не только простому люду, но и влиятельные люди (в том числе весьма властные личности). Такой жирный кусок пирога нужен каждому.
Именно поэтому, был объявлен Четвёртый крестовый поход, который перенаправил недовольство людей и их жажду наживы на иную жертву. И ничего, что вместо отвоевывания Гроба Господня, крестоносцы разграбили богатый христианский город Византию.
В дальнейшем католическая церковь продолжала действовать в таком же ключе. Местами действуя кнутом (инквизиция существовала долго), пряником (натравливая на друг друга представителей разных течений, раздавая прощение всем жаждущим) и отработанной веками идеологической обработкой населения.