Трудно сказать имея то, что имеем. Пишите сажанец здоровый, да и так называемую болезнь "чёрная ножка" определили бы на вид. Не буду утверждать, что правильно или не правильно. Напишу, что вижу по фотографии. Сажанец слишком бледный и вытянувшийся. Нехватка света видимая. Стоит на подоконнике, но не на свету. Возможно просто прикрыли от солнечных лучей. Пока этого делать не надо, солнце примерно с середины апреля начнёт обжигать. А сейчас его ещё не хватает. Стебель и отросты семядольных листочков должены быть: тёмными, почти фиолетовые, ниже и толще. Вытягивается растение ночью, поэтому надо досвечивать. Это то, что можно определить по фото.
Причина так же может быть в нехватке полива в том случае, если используете опрыскивание. Сверху грунт кажется влажным, а внути сухой комок и растение не питается. Рано(январь, февраль, первая декада марта) высеяли семена. Семена высаженые с середины марта и растут лучше и всегда догонят ранее высаженные. Если рассаживали: могли повредить корни, оставили у корней пустоты. В почве переизбыток азота. Под подоконником батарея и воздух для томатов жаркий. Им нужно прохладное проветривание(нет возможности перемещать, проветривайте помещение). Проращивали семена с стимуляторами роста, а сейчас растению не хватает веществ в почве. Наоборот перекормили растение. Грибковые заболевания и вредители, всё это может быть причиной. Но, что видно по фото описано в первом обзаце.