Потому что это традиция русского языка.
Слова Mister в английском, Monsieur во французском, Herr (в немецком), Senior (в итальянском и испанском) по смыслу ведь ничем не отличаются от "господин". "Мистер", "Мсье" восходят к латинскому magister - старший, главный, главенствующий. К "мистер" есть претензии? вопросы? неудовольствие?
Точно так же и в русском. Обращение "господин" было в России общепринятым, и в этом качестве не несло никакого самоуничижения. Точно так же как "милостивый государь" вовсе не предполагало, что тот, к кому так обращаются, носит монаршую корону. Это была просто форма вежливости. Более того, при обращении к лицам, стоящим ниже по сословной или иерархической лестнице, общепринятым было обращение "государь мой".
Поэтому обращение к кому-то "господин такой-то" - это просто вежливость, за которой ровным счётом никакого признания подчинённости тому, к кому так обращаются, как и признания самомалейшего намёка на отношение "хозяин - холоп", не было и в помине.
Не стоит искать чёрную кошку в тёмной комнате, особенно когда её там нет.
<hr />
Чисто до кучи. Обращение "господин" или "госпожа", в единственном числе, практически всегда требует имени. Как и мистер, мсье и прочие аналоги. Если без имени, то "милостивый государь" или просто "сударь".
Когда там у них полицейский даже к бездомному обращается "сэр", он вовсе не имеет в виду, что у того есть рыцарское звание. Это просто так принято.
<hr />
Теперь про гражданина. Это обращение появилось в революционной Франции и позднее перекочевало уже в Советскую России - в старой России его не было. В советское время так обычно обращались в присутственных местах, обычно в милиции или в суде, где, как известно, все были равны, но вот назвать подсудимого или подследственного "товарищем" было бы сложно. И заодно стали использовать во всякого рода канцелярских бумагах - анкетах, медкартах, заявлениях и прочей бюрократии. Поэтому теперь обращение "гражданин" носит сугубо формальный, безличный характер.
Ну и раз тут озаботились припадением к истокам (судя по времени задания вопроса - чуваку не спалось...): исходный смысл слова "гражданин" - житель города, горожанин (фр. citoyen, от cité - город). Так что если уж вот так слишком формально придерживаться буквального смысла слова, к жителю села нельзя обратиться "гражданин Васечкин". А как тогда, а?