Причин много, начиная от восприятия верующего человека самим не верующим, заканчивая людьми не совсем воспитанными и не совсем адекватными как с той, так и с другой стороны.
Например читает человек намаз где то в уголке Торгового центра или в метро. Читает себе ни кого не трогает, читает потому, что так велит делать ему его религия - пришло время намаза, будь добр, отложи все дела и соверши ОБЯЗАТЕЛЬНЫЙ намаз. Так вот когда атеисты видят это, то их распирает агрессия, если бы не страх получить сдачи, то накинулись бы, а так вызывают полицию и охрану. Знаю случаи, когда атеисты отказывались лететь в одном самолете с женщиной мусульманкой в хиджабе, хотя хиджаб это не выбор, это не та вещь которую можно одевать, а можно не одевать - это обязанность каждой мусульманки. Общеизвестный факт, что на работу во многие гос учреждения и не только - атеисты не берут на работу мужчин специалистов, мусульман с бородой. Мэр Канн на днях запретил мусульманкам посещать пляжи. Сделал это по хитрому, если вы женщина, одетая в специальный закрытый купальник (буркини), то вам будет выписан штраф 38 евро и полицейские вас выпроводят с общественного, общего пляжа. Очень часто приходилось видеть как атеисты презрительно и с чувством превосходства смотрят на верующих, как на слегка ущербных, причем не только на мусульман, но и на вообще всех верующих. Вполне возможно, допускаю, что от верующих встречается и ответная реакция, которую атеисты потом расценивают как "агрессия к атеистам".
Есть и вторая сторона медали. Это когда уверовавший человек впадает в состояние будто всю жизнь прожил с завязанными глазами и тут "прозрел". Его распирает от счастья, от состояния которым обязательно нужно поделиться с окружающими, он хочет рассказать атеисту про всё это, но наталкивается на глухую стену, естественно атеисту это не нравится, он расценивает такое поведение верующего как назойливость. Да ведь и естественно, кому из взрослых понравятся нравоучения? Не говорю про малознакомых людей, от близких даже бесит. Куришь ты сигареты, возможно не только сигареты, пьёшь пивко, винца, таскаешься по клубам и дискотекам, воруешь, сквернословишь, сплетничаешь, обманываешь, изменяешь супружеской половине, не помогаешь бедным, старикам, нуждающимся, не уважаешь старших, учителей, не благодарен и так далее и тому подобное, вот на это тебе от верующего будет замечание. Кому это понравится? Мало кому... В ответ звучит: не ваше дело, как хочу так и живу, кто вы такие меня жизни учить и так далее. Вот и расценивается поведение верующего, как поведение агрессивное.
Вспоминаю как я сам под действием веры, бросил курить и употреблять алкоголь, как мне стало легко и хорошо только от этого, как я приставал ко всем своим друзьям и знакомым - бросай курить, бросай пить, перестань жрать свинину, почувствуешь как это хорошо! Сначала все смотрели с пониманием, но продолжали делать что делали, потом начали огрызаться, потом вообще до скандалов стало доходить (молод был, напорист), только после этого понял, нельзя людей быстро в одночасье изменить, годы нужны. Нельзя от них напористо требовать то, что им пока закрыто. А ведь я не про религию им говорил, просто о сигаретах, выпивке и бабах. А что там про религию говорить? Тут вообще дело тонкое...
Но вот сказать, что верующие относятся к атеистам плохо, не совсем будет правильно. Мы, верующие, все побывали в ваших шкурах атеистов и прекрасно вас понимаем, потому и не особо вас не любим, а даже наоборот. Призываем вас любя, по братски. Вы нам не безразличны. А вот вы в нашей шкуре не были ни когда, потому и не понимаете нас.