Иногда слова звучат абсолютно одинаково. Их называют омофонами. Вот слова чистота и частота из-за безударных гласных в корне слова звучат прктически одинаково, так как безударные гласные искажаются, или редуцируются.
Чтобы сделать правильный выбор в написании этих слов, нужен контекст.
Если мы читаем вот такое предложение:
Чистота рук - залог вашего здоровья,
то, конечно, напишем букву и в корне существительного, проверив её с помощью родственных прилагательных
чистый, чистенький,
а также изменив форму прилагательного:
чистый - чище.
Если речь идет о частоте посадок растений или частоте радиоволн, то в корне напишем букву а, проверим её родственным прилагательным частый, наречием часто.
Радиопрограмма "Юмор FM" звучит на частоте 93,7.