Орфография, как правило, очень устойчивый элемент языка. Правила орфографии фиксируются в словарях, справочниках, а также в наше время в миллионах напечатанных текстов. Изменяется фонетика, медленнее грамматика, а орфография остаётся в фиксированном виде. Если Вы обращали внимание на орфографические реформы – все они носят достаточно глобальный характер (не в смысле происходят по всей планете, а в том плане, что затрагивают всех и всё). Нужно выпускать новые справочники, перепечатывать учебники, научиться и научить всех писать по-новому. Всегда находится масса противников измененими и т.д. Это была преамбула.
<hr />Итак. Правила орфографии английского языка достаточно кондовые и изменяются очень неохотно (что можно видеть в несовпадении написания и произношения слов). Написание многих слов было зафиксировано ещё тогда, когда они произносились примерно так, как они сейчас пишутся. Также английский язык имеет тенденцию сохранять написание заимствованных слов.
Отсюда, как Вы уже можете догадаться, получается, что многие старые английский слова, в которых сейчас пишется S, но произносится звонкий звук Z, раньше произносились с S. Просто с каждым фонетическим выпадом переписывать правила орфографии непрактично. Англичане уже давно оставили эту затею, уже во времена передвижения гласных (как можно заметить A читается как "э", I - как "ай"... а когда-то было именно /a/ и /i/). Если не вдаваться в детали, то в большинстве случаев это так. Окончание множественного числа и третьего лица глаголов произносится как /s/, так и /z/ (или /əz/), что зависит от предыдущего звука в слове. Пишут всегда S для удобства, а ассимиляция (изменение звука в зависимости от других стоящих рядом звуков) происходит сама собой, если Вы усвоили фонетику языка.
Во многих языках интервокальная (расположенная между гласными) S также озвончается в ходе фонетических преобразований, например во французском, итальянском. Французские и итальянские слова перекочевали в английский также с минимальными орфографическими модификациями. Много слов заимствовано из греческого, где пишется S (а англ. это слова с окончаниями -yse, некоторые с -ise). Интересно, что были слова с -yze, -ize, которые стали писать с S, чтобы подвести под одну гребёнку с вышеупомянутыми.
<hr />Если обратите внимание, то существует ряд слов, которые имеют разное написание: и с S, и с Z. Также есть слова, которые в американском английском (чьи правила орфографии формировались несколько позже и имеют некоторые модификации) пишутся с Z, а в британском с S (традиционно). Например, формы слов organize/organise, realize/realise обе правильны.
<hr />Немного некорректно сравнивать орфографию одного языка с орфографией другого, беря за основу лишь настоящую форму. Орфография нидерландского языка закрепилась намного позже орфографии английского, когда они могли себе позволить использовать Z в случаях произношения звука /z/. Во-вторых, буква сама по себе не всегда соответствует одинаковым звукам в разных языках. Например, в родственном немецком Z читается как "ц", что вообще не даёт сравниванить английскую Z с немецкой. Немецкая Z чаще соответствует T в английском (ten - zehn // так же, как русской Т белорусская Ц).
Частота использования той или иной буквы (как символа) не говорит о любви или нелюбви к этой букве. Это просто символ, обозначающий нечто. В редком современном языке все символы соответствуют одному звуку по причине, описанной в 1 абзаце. Поэтому причины редкого использования буквы Z в английском кроются лишь в истории языка и правилах орфографии, зафиксированных давным-давно, также в особенностях написания заимствованных слов.