Есть три основные причины того, что листья рассады желтеют.
Это недостаточная освещенность (рекомендуется в сельской местности с конца апреля на день выносить рассаду в прогретые теплицы, в городе - на лоджии), чрезмерный полив (после пикировки, как и после пересадки в грунт рекомендуется неделю не поливать рассаду, только сбрызгивать, если очень жарко), скудная питательными элементами и минеральными веществами почва (особенно влияет нехватка удобрений, содержащих азот).
Можно назвать еще две причины, которые могут вызвать пожелтение листьев, но их влияние уже менее существенно, чем указанных первых трех.
Это то, что помидорам необходимо движение воздуха. В комнатах нужно периодически создавать сквозняк; в теплицах - довольно часто распахивать обе двери настежь. Ну и, конечно, теснота при пересаживании тоже влияет на качество рассады: чем меньше места для корневой системы, том больше проблем с рассадой. По себе знаю; экономия на рассадном материале в прямой зависимости экономит урожай.