Пришедший к нам напиток назывался первоначально "кофий".
Именно так и звали гостей - "на кофий", или слуги говорили - "Барыня, кофий готов!"
Окончание " ий" подчеркивало мужской род, так и привыкли считать его мужским, по аналогии со словами: чай, квас, мед и другие напитки.
Но приезжие купцы называли свой товар или точнее привозимое зерно - "кофе". Так название зерна и стало постепенно привязываться к названию напитка.
И теперь многие дети, только начиная познавать тонкости русского языка, по аналогии с другими словами, оканчивающимися на "е", относят и это слово к среднему роду. И многие взрослые, не хотят относить это слово к словам-исключениям и ратуют за изменение его рода с мужского на средний.
Они просто хотят иметь строгие правила языка и иметь поменьше исключений.
Поэтому филологи и говорят, что в настоящее время употребление этого слова в разговорной речи идет сразу в двух родах, и вскоре средний род может даже победить, а как шутят юмористы:
"Кофе - это он, но иногда попробуешь, действительно - оно!"
Думаю всем понятно, с чем сравнивают такой плохой кофе (слово тоже среднего рода на букву "г").