Как и любую другую игру, основанную на "открытом мире" (другие игры серии Сталкер, а также ФарКрай, Дэд Айленд и т.п.) Чистое Небо можно проходить двумя основными способами. Быстрое прохождение и полное прохождение.
Я начну с быстрого, исходя из формулировки вопроса, где главное слово - пройти.
Нужно следовать основной сюжетной линии, не отвлекаясь на дополнительные квесты, по возможности не вступать ни в одну из группировок и не участвовать в разборках между ними.
В Чистое Небо это значит: очнуться на базе "Чистое Небо", узнать информацию у Лебедева (обстоятельства своего появления), помочь членам группировки на болотах, уйти на Кордон, узнать информацию о Клыке, попасть на Янтарь, пройти в Рыжий Лес, освободить отряд Лешего из ловушки, участвовать в штурме моста, найти дорогу через Лиманск, пройти через старый госпиталь, поразить Стрелка на ЧАЭС.
Квесты выполнять только те, без которых не будет развиваться прямой сюжет (отнести патроны на блок-пост, убить монстров, принять радиосообщение, затопить катакомбы и тому подобное). Быстрое прохождение возможно также, если вы решите вступить в Долг или Свободу. Оно будет лишь чуть-чуть более длинным.
Полное прохождение (его любят все фанаты серии Сталкер) подразумевает, что вы не уходите с локации до тех пор, пока не выполните просьбы всех желающих (найти потерянный ПК, найти чье-то оружие и так далее).
В любом случае вы всегда сверяетесь со своим КПК, в котором указан ваш статус, репутация, статистика, местонахождение, текущие задания - основные и дополнительные.