Это паронимы - однокоренные слова одной и той же части речи, сходные по звучанию, но имеющие разное лексическое значение. Оба указанных слова образованы от слова "вода", но имеют разные оттенки значений и разное словоупотребление.
Водяной:
1) состоящий из воды, содержащий воду: водяная пыль, водяные струи;
2) растения и животные, живущие в воде: водяной жук, водяной буйвол (кстати, Водяной - как сказочное существо, живущее в воде, тоже отсюда, но теперь воспринимается как самостоятельное слово);
3) приводимый в действие водой: водяная турбина, водяное колесо.
В устойчиво выражении "водяные знаки" - видимые на свет изображения на денежных купюрах, слово "водяной" употреблено в переносном значении.
<hr />
Слово "водный" имеет следующие значения:
1) относящийся к воде, связанный с ней: водная преграда, водная поверхность, водная гладь;
2) связанный с использование воды: водный раствор, водный режим, водные процедуры.
<h2>Иногда с этими прилагательными-паронимами могут образовываться синонимические словосочетания: водный поток - водяной поток, водная струя - водяная струя, хотя предпочтение отдаётся слову "водный".</h2>
Ещё один пароним из этой "семьи", слово "водянистый" - содержащий слишком много влаги, жидкий: водянистый суп. В переносном значении - расплывчатый, бессодержательный: водянистый взгляд.