Вначале дадам определение понятию "секта".
В.Даль: «братство, принявшее своё, отдельное ученье о вере; согласие, толк, раскол или ересь»
Д.Ушаков: «религиозное сообщество, состоящее из людей, отколовшихся от господствующей церкви и принявших новое вероучение»
С.Ожегов: «религиозное объединение, отделившееся от какого-нибудь вероучения и ему противостоящее»
Т.Ефремова: «Религиозная община, отколовшаяся от господствующей церкви»
Таким образом, секта есть понятие относительное. Чтобы называть ту или иную группу верующих сектой, необдходимо наличие некоего ведущего или даже господствующего вероучения. В Российской Империи православная церковь была господствующей, поэтому сектой считаться никак не могла. В других странах, например в Австро-Венгрии, православные вполне могли считаться "схизматиками", раскольниками, т.е. сектантами. В советское тоталитарное мировоззрение идея плюрализма не помещалась, поэтому советская власть продолжила царскую традицию исключительного положения православной церкви среди прочих христианских направлений. Понятие "секта", противопоставленное православию, и в советское время носило официальный (или полуофициальный) характер. Таковое содержание понятие секта сохранилось в общественном сознании до настоящего времени, хотя уже не имеет под собой никакой базы.
Господствующая религия - понятие конкретно-историческое, и в современных цивилизованных государствах - устаревшее. В гражданском обществе не может быть господствующей церкви. А в некоторых регионах Росии и Украины православие даже не самая популярная конфессия (по меньшей мере - не безоговорочно ведущая), кое-где она устапает позиции баптизму. Я уже не говорю о массовом отходе граждан от религии и церкви вообще. Так что в наше время в принципе не следует употреблять термин "секта", с равным уважением относясь ко всем конфессиям. Вопрос, кого считать "сектантами", "раскольниками", "еретиками", "схизматиками" - чисто внутрицерковный вопрос, и каждая конфессия решает его со своих позиций.