Согласно Семейного кодекса ст 51, п.3, в подобных случаях в графу Отец вписывается фамилия матери, а имя и отчество с ее слов:
Но ЗАГСы РФ, по-моему, до сих пор предлагают как вариант - прочерк. Например, в Беларуси, Казахстане разрешены только Ф.И.О, никаких прочерков, с этической точки зрения и во избежания возможного травмирования психики ребенка.
С другой стороны, в юридических нюансах с прочерком проще, не нужны подтверждающие справки об отце. Если же запись со слов матери есть, то при подаче документов, например, на пособие, или при выезде ребенка за границу придется брать справку в ЗАГСе о записи со слов. Эта процедура сложности не представляет, но справка платная и брать ее надо регулярно, в подтверждению к свидетельству часто требуется.
Пожалуй, из двух этих вариантов я всё-таки выбрала в графе Отец - Ф.И.О. И этически, и психологически, и логически, прочерк не может быть отцом.
По поводу, имя-отчество, если несостоявшийся отец не вызывает отвращения и неприязни, то по возможности, записала бы ближе к истине.