С одной стороны, оба понятия подразумевают под собой нечто целое, объединённое по каким-то параметрам, критериям и/или функциям. При этом их форма, расположение и расстояние между ними не имеет решающего значения, только одновременность их существования. С другой стороны, они различны по способу своего внутреннего взаимодействия.
Можно сказать комплекс зданий, сооружений, комплекс мер, мероприятий, комплекс витаминов. И все они будут подчинены одной значимой цели, пусть не имея между собой чёткого взаимодействия.
В то время, как система требует от своих фигурантов жёсткой взаимосвязи. Это цепь, в которой флуктуация в одном звене вызывает реакцию по всем коммуникационным синапсам, вызывая изменения в структуре или функции зависимого звена. Система права не будет действовать если после дознания и осуждения не наступит наказание. Система водоснабжения не будет работать, если между станцией водоподготовки и внутренней разводкой дома не проложен водопровод.
Часть комплекса можно разрушить, без потерь для остальных его составляющих. У системы же деградация одного звена (без существования параллельных структур) приводит к её уничтожению.