Допустимы оба варианта - как "в предприятии", так и "на предприятии".
Рассмотрим возможные случаи употребления.
1) Если мы говорим о предприятии в значении "работать где-либо", то правильнее будет использовать предлог "на".
Он работает на этом предприятии.
Кстати, если вместо предприятия используется слово "фирма", то допустимы оба варианта - как "на фирме", так и "в фирме".
2) Когда в предложении мы рассказываем непосредственно о каком-либо предприятии, то можно использовать оба предлога - всё зависит от контекста.
В этом предприятии хорошие сотрудники.
Кризис серьёзно сказывается на этом предприятии, оно почти обанкротилось.
3) Если "предприятие" - это не завод / организация, а какое-то мероприятие / заговор / кампания, то используется предлог "в".
Мне предложили поучаствовать в этом предприятии.