Для того, чтобы ответить на поставленный вопрос, выясним, что из себя представляет слово, правописание которого вызывает сомнение.
Это неодушевленное имя существительное среднего рода второго склонения. Ошибку можно допустить в безударном окончании существительного.
Важно отметить, что это существительное на -ие, значит, имеет особенности при изменении по падежам.
Именительный падеж что? недоумение: Его недоумение мне понятно.
Винительный что? недоумение: Все заметили его недоумение.
Родительный чего? недоумения.
Дательный чему? недоумению.
Творительный чем? недоумением.
Предложный о чём? недоумении: Он замолчал в недоумении.
Таким образом, мы видим, что правописание бзударной гласной в окончании данного существительного зависит от падежа, в котором оно употребляется в контексте. В именительном и винительном падеже окончание -е, в предложном падеже ставим окончание -и.
Я была ( в чем? предложный падеж ) в большом недоумениИ.
В данном предложении пишем окончание И.