Вопрос, на который трудно дать ответ. Причин несколько.
Может быть разная упаковка и расфасовка, обратить внимание. В темном стекле, с коробочкой будет дороже.
Аптечное фасуют по 200мл, пищевое и по 5л видела на сайте в пластиковых емкостях.
Разные производители. Может быть в смеси с кукурузным маслом (дешевле), изучить этикетку.
Но может оказаться одинаковым. Крупные торговые предприятия заказывают вагонными нормами непосредственно от производителя для своих супермаркетов и складов.
А аптеки нет, обычно товар берут на оптовых фирмах-складах. Еще одна инстанция и, соответственно, наценка.
В аптеке льняное масло не является лекарственным средством и его относят к парафармацевтическим товарам. Для аптек может быть оформлено как БАД и инструкцию напишут.