Имя существительное секунда (именно так правильно писать это слово) заимствовано в восемнадцатом веке из немецкого языка (Secunda), а в немецкий пришло это слово из латинского (secunda). Как видно, слово является калькой и того, и другого написания.
Заимствованные слова обычно очень трудно проверить.
И слово секунда относится к непроверяемым, то есть словарным. Необходимо для проверки его обратиться к словарям орфографическим, внимательно прочитать и постараться запомнить, тем более, что оно часто употребляется в нашей речи.
Есть несколько фразеологических оборотов с этим словом, например,
"секунда в секунду", "с секунды на секунду", "сию секунду", "ни секунды".
Можно их запомнить, что облегчит запоминание данного слова.
Можно воспользоваться еще одним способом запоминания непроверяемых слов. Он заключается в том, чтобы найти слово-образ, которое ассоциируется с рассматриваемым словом, но та же безударная гласная находится под ударением.
Например, как слово-образ для заданного секунда можно использовать слово время,
в котором гласная Е -- ударная: врЕмя - секунда.