Принять решение о замене военной службы на альтернативную (а это же то-же служба), может только призывник, но никак не работодатель - это во первых. Во вторых: имеется такой Закон "Об Обороне", где сказано, что комплектование Вооруженных сир России производится по экстерриториальному принципу. Думаю, вы поняли, что это означает? То есть призывник не вправе выбирать своего места службы и это не зависимо какую он выбрал: срочную или альтернативную.
Тем более, в законе сказано, что альтернативная служба возможна только в организациях , которые подведомственны органам исполнительной власти федерального уровня и подведомственные субъектам Федерации (третьи — это организации МО РФ) , где работа предусматривается в качестве гражданского персонала. И все...
Сам порядок прохождения службы и опять независимо от выбора формы службы, это прохождение её в вблизи от места жительства. В этих случаях так же определен регламент и потребуется акт обследования семейно - имущественного положения призывника. И заключением будет являться ходатайство облвоенкома о такой необходимости, но никак не работодателя.
Поэтому, в соответствии с действующими законами, работодатель не имеет абсолютно никакого права влиять на решение призывной комиссии. Только им дано право принимать, где призывник будет проходить альтернативную службу, а для прохождения её вблизи от места жительства, только на основании веских причин, подтверждающих такую необходимость (по семейным обстоятельствам конечно).
Здесь смотрите как написать заявление