То, каким видел развитие России и её место в мире Пётр I, сильно расходилось с представлением об этом духовенства. В первую очередь церковных иерархов (естессно, что всё остальное духовенство лишь следовало предписаниям, диктуемым высшим клиром) . Пётр видел Россию как часть европейской цивилизации и все свои усилия направлял на интеграцию России в Европу. Отсюда и бритьё бород, отсюда и европейское платье, отсюда и война со Швецией за выход к Балтийскому морю - через него шёл максимально удобный торговый путь (до этого вся торговля шла через Архангельск вокруг Скандинавского полуострова, что было долго, дорого и опасно).
Духовенство же, исходя из чисто религиозных принципов, было против европейского, "латинского" пути России, поскольку господствующая ветвь христианства на большей части Европы - это католицизм. Так что европейский путь, тесные связи с Европой - всё это воспринималось иерархами церкви прежде всего как опасность чуждого влияния. Как риск "разрушения устоев" (как мало изменилось с тех пор...).
Ну и учитываем ту роль, то значение, которое было у церковных властей в то время. Что на Руси, что в Европе. Церковная власть часто стояла выше власти светской, даже власти монарха, и ни одно важное решение не могло быть принято без одобрения со стороны высшего духовенства. И вполне естественно, что если политика светской власти (царь, король) входит в противоречие с политикой или целями власти духовной (папа, кардиналы, митрополит...), когда возникает конфликт интересов, причём стратегических интересов, - столкновение неизбежно.
И тут возможны только два исхода: либо церковные власти низлагают монарха, либо монарх низводит церковных иерархов до уровня государственных чиновников, подчиняющихся его монаршей воле и оной не перечащих. В России случилось именно последнее.