На данный вопрос нет ответа. Это уже из разряда "яйцо или курица". Да, флешки глючат. Но они обладают довольно гибкой файловой системой, поэтому со специальным софтом данные с них восстанавливаются легко. А вот диск если поцарапался сильно, то уже никакая программа не угадает какой же "рисунок" был выжжен на диске изначально. Ведь считываются "выемки" на поверхности.
Плюс, диски требуют большего пространства и большего внимания при хранении. Например, у меня один диск с данными, будучи в коробке умудрился треснуть (я так подозреваю, было слишком тугое крепление). И теперь в центре маленькая трещинка. Она не задевает считываемую поверхность, но нет гарантий, что диск не разлетится в дисководе. А данные там были довольно важные, хоть и старые.
Флешка же, если ее не топить, не топтать, не давать на завтрак собаке - с ней ничего толком не случится.
Другой вопрос стоимость - болванка стоит на порядок дешевле флешки. Даже если считать с какой-нибудь супер крутой специальной коробкой для хранения диска. Но тут стоит скорее вопрос сохранности данных, чем цены.
Я бы на Вашем месте (если эта информация действительно очень важная) продублировала ее на нескольких дисках, и при возможности записала на флешку. Ведь она всегда под рукой и воспользоваться данными намного проще, чем искать нужный и вставлять диск.
Как-то так.