Сейчас пенсию священникам платит Государство.
Скорее всего на основании тех документов и тех зарплат по ведомости, которые священники получают в приходах. (куда идут так называемые, "пожертвования на помилования" за частные требы, например, освещение квартиры, отпевание на дому и проч. спросите сами).
А вот раньше, до конца 1980-х годов пенсию батюшкам и ведущим регентам Соборов, платила Епархия. Думаю, что такую пенсию получал Кузьма Федулович Левченко, знаменитый регент каф.Собора Ростова-на-Дону, регент послевоенного периода.
А вообще, сейчас уже нельзя сказать, что Церковь отделена от государства.
Первый и очень сильный шаг на соединение Церкви и государства сделал один человек, которого сейчас многие не любят, хают, костерят. Хотя он родился в бедной крестьянской семье в Хлеву где содержались коровы. Вступив в КПСС, приняв атеизм (хотя формально был крещен) он и сейчас, в свои 80+ считает себя убежденным атеистом. Но тем не менее, 29 апреля 1988 года состоялась встреча Патриарха Пимена и постоянных членов Синода, на которой Церкви было возвращены подавляющее большинство монастырей, храмов и прочее. И было решено, что Церковь может и должна играть гораздо бо́льшую роль в жизни общества.
Еще нужно рассмотреть сам процесс выхода на пенсию священника. Обычно, правящий Архиерей не благословляет совсем старому (80+) священнику служить, опасаясь, чтобы по старости он не уронил Чащу (Тело и Крови Христова). Но даже даже в самых преклонных годах духовенство регулярно помогает на Богослужениях, например, исповедует, или читает Акафесты. А также периодически совершает требы, например, освящает дом, квартиру, машину (колесницу), ездит на отпевание и проч., тем более что служащий священник-настоятель храма сейчас обременен огромными другими делами, и он с радостью воспримет наличие пожилого священника, так называемого заштатного священника. Там зачастую пожилого Батюшку посадят за стол и очень щедро и гостеприимно накормят, да еще что-то свое сельское дадут с собой с огорода или с сада или иного хозяйства. Таким образом, шансы на то, чтобы пожилой, даже старый священник умер с голоду, почти нулевые. (сравните с возможностями рабочего завода на пенсии, да даже учителя или радиста-кто сейчас будет заинтересован в ремонте чернобелого ТВ и даже первого цветного ТВ или в помощи установки антенны для дальнего приема ТВ в МВ или ДМВ диапазоне).