Потому что это дёшево.
Производство компьютерной анимации гораздо быстрее и дешевле чем рисование вручную, так что даже 2D аниме сейчас рисуют на компьютере. Как и многие другие мультфильмы, не только в Японии. Полнометражные мультики, нарисованные вручную, сейчас редкость.
А вот если под компьютерными мультфильмами иметь ввиду 3D, то эта анимация, если это не детализированная CGI-графика, намного быстрее и дешевле 2D - по этой причине многие детские мультсериалы стали переходить на неё. Дёшево, быстро, маленький нетребовательный зритель будет рад.
Если уж на то пошло, то сделать сначала 3D-мультфильм, а потом перенести его руками и программами в двухмерную анимацию - это тоже будет дешевле, чем рисовать её с нуля. Правда вся прелесть двухмерной анимации при этом теряется, а все косяки трёхмерной вылезают а поверхность - но бюджет, особенно у маленьких студий (или больших и жадных), не резиновый. Так появляется ещё одно извращение нашего времени - 3D-аниме. Иногда полностью, иногда вставками - как "Сказание об Арслане", например. Выглядит уродливо.
К слову в той же Японии сейчас стали появляться анимеподобные (полноценным аниме это не назвать) CGI фильмы, вроде "Кингсглейв" или "Ганц-О" - выглядят они великолепно.
