Во-первых, в вопросе речь не о Ноевом ковчеге, а о Ковчеге завета. Согласно Ветхому завету, на горе Синай был такой завет у Моисея с Богом, чье имя непроизносимо и которого перед этим Моисей видел в пылающем кусте. И вот скрижали этого завета (такие камни, на которых высечено, что нужно делать и что запрещено) должны были храниться в ковчеге, т.е. в ящике. И в скинию (шатер), где стоял этот ящик, входить могли только священнослужители, остальные за это карались смертью. К тварям разных видов, которых по паре, это отношения не имело (не в том смысле, будто бессловесные твари могли туда входить, а в том, что их там вовсе не было; они, по Библии, были у Ноя).
Ну и при чем тут ядерный реактор?
В близких к описываемой местности краях через три с лишним тысячи лет пара десятков молодчиков в черном взяли ножи и демонстративно лишили жизни тех, кто, по их мнению их вожака, нарушал религиозные каноны. Ядерный реактор им для этого не потребовался. Это было в 21 веке. Тогда почему он должен был требоваться для покарания нечестивых во времена Моисея? Может, еще из пушек по воробьям Моисей стрелял? Другое дело - вспышки света, если они действительно имели место. Диких людей и попугать можно, если слов "посторонним вход воспрещен" не понимают!
Предположим, Вы скажете, что Бог карал свой избранный народ лично и собственноручно, не прибегая к помощи представителей этого народа, и именно этим они отличались от разных там игиловцев. Увы, преступников там карали, как везде, просто люди. Внимательно почитайте Ветхий завет, там на это есть предписания, как и за что. Так что сообщения, что вошедшие в святилище подверглись смерти, не стоит толковать как-нибудь чересчур мистически.
А почему сундук не находят? - так даже если он был из красного дерева, в чем я сомневаюсь, то все равно не три с половиной же тысячи лет его срок хранения? И потом, свят для тех людей был не сундук, а его содержимое. Могила Моисея знаете где? И никто не знает: он не хотел, чтобы на ней устраивали ритуалы, подобные языческим. Может, по той же причине и ковчег на каком-то этапе иудейской истории уничтожили тихо, чтобы никто не молился доскам, то есть, по иудейским представлениям, не впадал в грех идолопоклонства.