Представьте себе, что Вы изучаете строение какого-либо сложного объекта (например, замороженной тушки курицы). У Вас есть острый инструмент, который позволяет Вам нарезать объект тончайшими ломтиками. Вы отрезаете один ломтик, потом другой и так далее, в результате Вы получаете полное представление о строении объекта. Ещё лучше, если Вы сфотографируете каждый слой, оцифруете фотографии и введёте их в память компьютера. В компьютер заложена программа, которая по этим фотографиям "создаёт" объемное изображение исследованного объекта.
Примерно то же происходит при томографии. КТ и МРТ различаются только "режущим" инструментом.
В КТ ("компьютерная томография", а точнее "рентгеновская компьютерная томография") этим инструментом является ретгеновское излучение. Ну, что такое ренгеновские снимки наверное знают все, поэтому пояснять тут ничего не надо. Единственная тонкость, что получается набор "послойных фотографий".
В МРТ ("магнитно резонансная томография", а точнее "магнитно резонансная компьютерная томография") - ядерный магнитный резонанс (ЯМР). ЯМР - это когда объект помещается в сильное магнитное поле и облучается радиоволнами определённого диапазона частот. Колебания некоторых частот поглощаются, это поглощение регистрируется, и по полученному отклику создаются "фотографии" различных слоёв. В отличие от рентгеновского излучения, метод ЯМР абсолютно безвреден.
Ну а дальше и в том и в другом методе компьютер обрабатывает полученные фотографии и создаёт объемную модель.