Диспетчер винды постоянно отслеживает изменение связей в NTFS, например. Какое нибудь теневое копирование работает... Проверьте все активные процессы, а также процессы стартуемые автоматически или по расписанию.
внутренний HDD:
1) диск неисправен
2) не загружены драйвера контроллера, прилагаемые к материнской плате
3) поврежден кабель питания
4) поврежден шлейф IDE/SATA
внешний HDD:
1) недостаточно питания на шине USB (попробуйте переключить устройство в другой порт)
2) поврежден кабель
3) необходим кабель с двойным подключением к USB
4) диск неисправен
Конечно можно, однако при этом нужно зайти в биос и в качестве за грузочного устройства выбрать внешний диск с предустановленной на нем системе. Как установить систему на данный диск, узнайте здесь же, предварительно создав вопрос. Либо воспользуйтесь поиском так как ответ на этот вопрос, уверен что здесь уже есть. Вопрос достаточно популярный.
Жёсткие диски - очень плохие устройства для системного диска. У них максимум 120 операций ввода/вывода в секунду, чего явно недостаточно при запуске операционной системы или программ, считывающих много данных из разных файлов. Поэтому Windows всегда будет оценивать жёсткий диск максимум в 5.9. Если хочется увидеть красивую цифирку - нужно ставить систему на SSD.
У вас стояла х32. Теперь пытаетесь установить х64. Необходимо преобразовать в GPT. Делается это Paragon Partition Manager или MiniTool Partition Wizard. Лучше всего скачать с рутор.орг LiveCD от Стрельца, сделать с него загрузочный диск\флешку и уже стартанув с него, преобразовать раздел без потерь данных.