Нет, ну, что вы. Представьте, что вы что-то написали на полях книги карандашом, потом стерли, а потом как-то это снова прочитали, текст книги ведь от этого не пострадает. Жесткий диск тем и хорош, что на него можно записывать и читать чего-то очень долго. У меня были жесткие диски, которые отработали по 50-70тыс. часов при плотном рабочем графике, обычные диски, не серверные, и ничего, работали. Жесткий диск обычно выводится из строя из-за механической поломки внутренностей, проблем по питанию, проблеммных прошивок, но лишний раз считать что-то для него безболезненно. Еще диск можно убить чрезмерно большой нагрузкой. Было дело качал и раздавал торренты, компьютер тогда работал сутками, можно сказать на пределе, помню, за месяц погибли или 3, или 4 диска, плюнул я тогда на это дело и решил, что не в рейтингах счастье. При бережном отношении диск вполне может нормально функционировать 10-15 лет и "налетать" за это время от 40 до 100 тыс. часов.
Диспетчер винды постоянно отслеживает изменение связей в NTFS, например. Какое нибудь теневое копирование работает... Проверьте все активные процессы, а также процессы стартуемые автоматически или по расписанию.
Конечно можно, однако при этом нужно зайти в биос и в качестве за грузочного устройства выбрать внешний диск с предустановленной на нем системе. Как установить систему на данный диск, узнайте здесь же, предварительно создав вопрос. Либо воспользуйтесь поиском так как ответ на этот вопрос, уверен что здесь уже есть. Вопрос достаточно популярный.
Жёсткие диски - очень плохие устройства для системного диска. У них максимум 120 операций ввода/вывода в секунду, чего явно недостаточно при запуске операционной системы или программ, считывающих много данных из разных файлов. Поэтому Windows всегда будет оценивать жёсткий диск максимум в 5.9. Если хочется увидеть красивую цифирку - нужно ставить систему на SSD.
У вас стояла х32. Теперь пытаетесь установить х64. Необходимо преобразовать в GPT. Делается это Paragon Partition Manager или MiniTool Partition Wizard. Лучше всего скачать с рутор.орг LiveCD от Стрельца, сделать с него загрузочный диск\флешку и уже стартанув с него, преобразовать раздел без потерь данных.