Пеня должна "уйти", только для этого нужно время на передачу информации от банка, из которого платеж отправлен, казначейству, оно, в вою очередь, должно отправить данные в налоговую. Обычно эта процедура занимает несколько дней.
После этого проходит некоторое время для актуализации информации на сайте налоговой инспекции (это происходит в течение недели), то есть, скорее всего, платежи, поступившие в течение текущей недели, отобразятся на сайте на следующей неделе.
Несколько лет назад я попала в аналогичную ситуацию, не знала, что для появления информации об уплате налога нужно время, поэтому оплатила налог дважды (благо, что он был небольшой, просто потом написала заявление на зачет налога в следующем году :) И только потом нашла в разделе помощи в личном кабинете информацию об актуализации платежей в течение 10 дней. Но обычно она обновляется быстрее, за 3-5 дней. Так что, ждите. Платеж зачислят в день отправки из банка.
Если же прошло больше времени, а задолженность продолжает "висеть", нужно обеспокоиться и обратиться в банк, откуда ушел платеж, чтобы его сотрудники разыскали платежку.
