Ответ на тот случай, если сообщения не от Винды, а от всаженной вам недоброй проги.
Раз уж вы сумели загрузить в безопасном режиме, то сделайте следующее:
Пуск-выполнить, в окошке наберите msconfig, нажмите ОК, выберите вкладку "Автозагрузка" и посмотрите, у каких программ стоят галочки. Скорее всего, прога, которая грузит сообщение, там прописана. Снимите галочки со ВСЕХ процессов (ничего страшного не случится) и перезагрузитесь.
Если после перезагрузки система работает нормально, это не значит, что резидента уже нет. Там, где вы снимали галочки, прописано название программы (оно должно быть странноватеньким - либо набором знаков типа sf33l3rk43 с экзешным расширением, либо чем-то вроде trajankill.exe) и ее адрес. Ищите ее в проводнике и удаляйте. Почистите кэш браузера, удалите куки, временные интернет-файлы, почистите корзину, смените размер файла подкачки. В системный реестр не ходите, там нужно знать, куда ногу ставишь)))) Если вы знаете "в лицо" все программы, стоящие на вашем компе, просмотрите каталоги Program Files, Windows, System32 - и найдите не-знакомую. Не забудьте нажать Ctrl+H, если делаете это в Тотал-коммандере (он покажет скрытые файлы). Но это уже для тех, кто сжился с компом))
Если же после перезагрузки ситуация повторяется, опять грузитесь в защищенном режиме и повторите все вышеуказанные действия, не выходя из защищенного режима. После этого перезагружайтесь. Как только система заработала стабильно, запускайте надежный антивирь и сканируйте всю систему.